Как правильно заполнить рко образец: Расходный кассовый ордер (форма КО-2) в 2022 году

Содержание

Расходный кассовый ордер (форма КО-2) в 2022 году

Расходный кассовый ордер (РКО) – это один из документов кассовой дисциплины, который оформляется при каждой выдаче наличных денег из кассы. РКО формируется в одном экземпляре работником бухгалтерии и подписывается руководителем организации, главным бухгалтером, кассиром и лицом, получающим денежные средства.

Обратите внимание, в 2022 году действует упрощенный порядок ведения кассовой дисциплины, согласно которому индивидуальные предприниматели больше не обязаны оформлять кассовые документы (ПКО, РКО и кассовую книгу).

Бесплатное бухгалтерское обслуживание от 1С

Бланк РКО (форма КО-2) в 2022 году

Расходный кассовый ордер (форма КО-2):

Как заполнить РКО

Инструкция по заполнению бланка расходного кассового ордера

В строке «Организация» указывается правовая форма (ООО, ЗАО и т.д.) и наименование организации (например, ООО «Компания»).

В строке «Код по ОКПО» необходимо указать код по ОКПО в соответствии с полученным уведомлением из Росстата.

Если код не был присвоен, поставьте прочерк.

Далее указывается наименование структурного подразделения организации, оформляющего РКО (если в организации нет структурных подразделений, поставьте прочерк).

В поле «Номер документа» указывается порядковый номер РКО (нумерация приходных и расходных кассовых документов в течение года должна быть непрерывной, а с начала следующего года начинаться заново).

В поле «Дата составления» указывается дата выдачи денег из кассы в формате ДД.ММ.ГГГГ (например, 05.03.2022). РКО должен быть оформлен в день выдачи денег из кассы, поэтому дата выдачи денег и день формирования ордера совпадают.

Блок «Дебет»:

В графе «Код структурного подразделения» указывается код подразделения организации, оформляющего РКО (если в организации нет структурных подразделений, поставьте прочерк).

В графе «Корреспондирующий счет, субсчет»

указывается номер счета, по дебету которого отражается выдача денег из кассы в соответствии с планом счетов бухучета:

  • 51 – сдача денег в банк для зачисления на расчетный счет;
  • 60 – расчеты с поставщиками и подрядчиками;
  • 70 – расчеты с работниками по оплате труда;
  • 71 – расчеты с подотчётными лицами;
  • 73 – расчеты с работниками по прочим операциям;
  • 75-2 – расчеты с учредителями по выплате доходов.

Графа «Код аналитического учета» заполняется только при наличии соответствующих кодов.

В графе «Кредит» указывается номер бухгалтерского счета, по кредиту которого отражается выдача денег из кассы (как правило, это счет 50.1 – «касса»).

В графе «Сумма» указывается цифрами сумма денежных средств, выдаваемая из кассы.

Графа

«Код целевого назначения» заполняется, если организация использует в своей деятельности соответствующую систему кодирования. В этом случае указывается код назначения использования выбывших средств.

В строке «Выдать» указывается ФИО физического лица (в дательном падеже, например Иванову Ивану Ивановичу) или наименование организации, которому(ой) необходимо выдать денежные средства.

В строке «Основание» необходимо указать основание для выдачи денег из кассы, например: «Выдача материальной помощи» или «Сдача денег в банк» и т.д.

В строке «Сумма» прописью указывается сумма денег, выдаваемая из кассы. При этом рубли пишутся с заглавной буквы, а копейки цифрами. В незаполненных полях необходимо поставить прочерк.

В строке «Приложение» отражаются прилагаемые первичные документы с указанием их номеров и дат, на основании которых выдаются деньги из кассы (доверенности, квитанции, приказы, заявления и т.д.).

Далее заполняются данные руководителя организации (должность, подпись и расшифровка подписи) и главного бухгалтера (подпись и расшифровка подписи).

Примечание: руководителю необязательно расписываться на РКО, если он сделает разрешительную надпись на прилагаемых документах к расходному кассовому ордеру.

Строку «Получил» заполняет лицо, которому выдаются деньги из кассы. В ней он указывает получаемую денежную сумму (при этом рубли ему необходимо писать прописью с заглавной буквы, а копейки – цифрами). Далее ставится его подпись и дата получения денег.

При выдаче денег по РКО кассир должен проверить документ, удостоверяющий личность получателя (паспорт или иной документ). Кассир указывает наименование, номер, дату и место выдачи этого документа в соответствующей строке РКО.

Строка «Выдал кассир» заполняется кассиром только после выдачи денег по РКО. В ней он ставит свою подпись с расшифровкой (фамилия и инициалы).

Полностью заполненный ордер остается в кассе предприятия (а не выдается на руки получателю денег) и служит подтверждением того, что денежные средства были выданы на законных основаниях.

Обратите внимание, в расходном кассовом ордере запрещено делать исправления.

Подключить бухобслуживание от 1С

Образцы заполнения РКО в 2022 году

Ниже представлены образцы заполнения бланка расходного кассового ордера:

Выдача денег при расчетах с поставщиками и подрядчиками

Скачать образец (.xls)

Выдача денег для оказания материальной помощи сотруднику

Скачать образец (.xls)

Выдача денег для их дальнейшей сдачи в банк

Скачать образец (.xls)

Пожалуйста, оцените информацию, если она была вам полезна:

Остались вопросы?

На этом сайте вы можете бесплатно задать свой вопрос нашему специалисту в разделе вопросов и ответов.

Расходный кассовый ордер КО-2 (бланк и образец). Как правильно заполнять РКО

Заполните бланк без ошибок за 1 минуту!

Бесплатная программа для автоматического заполнения всех документов для торговли и склада.

  • Счета на оплату
  • Счета-фактуры
  • Накладные
  • Путевые листы
  • Доверенности
  • Акты выполненных работ
  • Акты приемки, инвентаризации
  • Коммерческие предложения
  • Кассовые ордеры

Класс365 – быстрое и удобное заполнение всех первичных документов

Расходный кассовый ордер (РКО) используется для оформления выдачи наличных денежных средств из кассы организации.

Выдача наличных денег по данным ордерам может производиться только в день их составления.

При составлении РКО ему присваивается очередной порядковый номер и до передачи в кассу он регистрируется бухгалтерией в журнале регистрации приходных и расходных кассовых документов (форма № КО-3).
Унифицированная форма № КО-2 утверждена постановлением Госкомстата России от 18.08.98 г. № 88.

Как упростить работу с документами и вести учет легко и непринужденно

«Класс365» — онлайн программа для всех:

  • 50 актуальных бланков документов
  • Торговый и Складской учёт
  • CRM-система для работы с клиентами
  • Банк и Касса
  • Интеграция с интернет-магазинами
  • Встроенная почта и отправка SMS

Бесплатно для одного пользователя

Как правильно заполнить форму КО-2

Расходный кассовый ордер выписывается бухгалтером в одном экземпляре. Его подписывает руководитель и главный бухгалтер (или уполномоченное лицо).

Обратите внимание! В случае, когда к ордеру прилагается документ (заявление, счет и т.п.), имеющий разрешительную надпись руководителя, его подпись на расходном ордере не ставится.

При получении расходного ордера кассир обязан проверить:
— наличие подписи главного бухгалтера и руководителя;
— правильность оформления полученных документов;
— наличие прилагаемых документов.

Как автоматизировать работу с документами и не заполнять бланки вручную

Автоматическое заполнение бланков документов. Сэкономьте свое время. Избавьтесь от ошибок.

Подключитесь к КЛАСС365 и пользуйтесь полным спектром возможностей:

  • Автоматически заполнять актуальные типовые формы документов
  • Печатать документы с изображением подписи и печати
  • Создавать фирменные бланки с вашим логотипом и реквизитами
  • Составлять лучшие коммерческие предложения (в том числе по собственным шаблонам)
  • Выгружать документы в форматах Excel, PDF, CSV
  • Рассылать документы по email прямо из системы

С КЛАСС365 вы сможете не только автоматически готовить документы. КЛАСС365 позволяет управлять целой компанией в одной системе, с любого устройства, подключенного к интернету. Легко организовать эффективную работу с клиентами, партнерами и персоналом, вести торговый, складской и финансовый учет. КЛАСС365 автоматизирует всё предприятие.

как правильно заполнить и где взять образец

РКО всегда осуществляется на основе договора между банковским учреждением и клиентом. Этот документ регламентирует порядок функционирования банковского счета клиента. В соответствии с пунктами подписанного документа банковское учреждение принимает на себя ряд обязательств. То же самое касается и клиента.

В первую очередь, банк обязуется проводить все банковские операции по счету клиента. Совершение банковских операций совершается согласно положениям действующего законодательства РФ и в пределах компетенции банка. Помимо этого, банк должен гарантировать сохранность финансовых средств, которые поступили на счет клиента в процессе совершения РКО. Банковское учреждение может осуществлять любые операции по счету клиента только лишь по его поручению.

В подписанном договоре также должны быть указаны условия конфиденциальности информации о хозяйственной деятельности банковского клиента. Банк неправомочен распространять какую-либо информацию об операциях, которые были совершены его клиентом. Наконец, в подписанном договоре на РКО должно быть четко указано, что банк обязан выдавать своему клиенту выписки с его счета по первому требованию.

Что такое договор на расчетно-кассовое обслуживание

Договор на РКО является официальным документом, регламентирующим отношения между банком и клиентом. Предметом договора всегда является счет, который банк открывает своему клиенту. Именно на этот счет банк будет принимать и зачислять денежные средства от клиента.

В соответствии с данным договором не только банковское учреждение, но и клиент берет на себя ряд обязательств. Во-первых, клиент должен рассчитываться по своим обязательствам путем перечисления на открытый счет необходимых сумм. Расчет может быть как наличными, так и безналичным. При этом клиент может самостоятельно распоряжаться финансовыми средствами, которые хранятся на счету. Также согласно договору клиент может давать банковскому учреждению поручения на совершение расчетно-кассовых операций. К правам клиентов также стоит отнести возможность требовать банковские отчеты о выполнений поручений. Еще одно право любого клиента – получение средств в порядке, установленном действующим законодательством и договором на РКО.

В том случае, если одна из сторон договор не будет выполнять свои обязательства, вторая сторона может потребовать возмещение понесенных убытков на условиях, предусмотренных законодательством нашей страны.

Как правильно заполнить договор на расчетно-кассовое обслуживание

Для заключения договора на РКО юридическое или физическое лицо должно заполнить и подать заявление на открытие счета в выбранном банке. Это заявление необходимо подать в один из филиалов данного банковского учреждения. При этом клиент должен предоставить пакет документов, который предусмотрен для открытия счета под определенную категорию клиентов. Следует знать, что в банках открываются различные счета для индивидуальных предпринимателей, нерезидентов, юридических лиц и т.д.

Договор на РКО состоит из нескольких пунктов:

  • предмет договора;
  • права и обязанности сторон;
  • размер и порядок оплаты услуг банка;
  • срок действия договора;
  • порядок разрешения споров;
  • ответственность сторон;
  • особые условия;
  • реквизиты и адреса сторон.

Только лишь после заполнения всех вышеперечисленных пунктов, договор обретает юридическую силу. Заключение договора также должно быть подтверждено подписями обеих сторон.

В завершение стоит добавить, что для официального оформления отношений с банком клиент должен предоставить копию учредительных документов, паспорт лица, представляющего документы на заключение договора, а также копию паспортов учредителей организации.

Пример заполнения расходного кассового ордера и инструкция


Документальное сопровождение выдачи наличных

В наше время тотального господства банков и банковских переводов ни одна организация не может обойтись без фактических денежных средств. В этой статье рассматривается пример заполнения расходного кассового ордера (РКО) и вопросы, связанные с его применением.

Любая организация или ИП обязаны вести расчеты с контрагентами, осуществлять платежи в бюджет и фонды через расчетный счет. Но остается еще немало случаев, когда нужны наличные деньги:

  • выдача подотчетному лицу
  • расчет по оплате труда
  • выдача на хозяйственные нужды
  • оплата аванса поставщику

Правовая основа и обязательность заполнения кассового документа

Правовой Федеральный акт возлагает на Центробанк определить шаг за шагом операции по кассе. Этот распорядок расписан Указанием Банка, где говорится, что все кассово-денежные операции оформляются ордерами: приходными и расходными. Там же указаны наименования стандартных форм. Формы эти закреплены в законодательных нормативах. Форма КО-2 предназначена для расходного кассового ордера.

Таким образом, создание расходно-кассового документа при выдаче денег является обязательной процедурой.

Пример заполнения расходно-кассового ордера поможет правильно составить документ. Кроме того, он обязательно должен записываться в журнальной форме, где фиксируются все приходные и расходные документы кассы. Этот журнал, в свою очередь, имеет КО-3 стандартную форму.

Оформление ордера

Оформляет расходный кассовый документ бухгалтер. На уровне законодательства нет четких требований, как заполнять ордер. Но так как для ордера существует унифицированная форма, то ответственное лицо заполняет бланк ордера в соответствии с требованиями соответствующих полей в форме:

Пример РКО

  • на верхней строчке пишется название организации
  • ниже его – структурное подразделение; если нет подразделения, то ставится прочерк
  • в табличке «Коды» код по ОКУД 0310002 – проставляется автоматически, а код ОКПО должен соответствовать коду из классификатора

Далее проставляется номер, присвоенный документу и дата его составления, дата получения денег из кассы.

Затем бухгалтер должен проставить бухгалтерские счета. Кредит счета всегда будет 50, а вот дебет зависит от хозяйственной операции, в соответствии с которой выдаются деньги:

  • 70 – выдача зарплаты сотрудникам
  • 60 – оплата поставщикам и заказчикам
  • 71 – расчет с подотчетными лицами
  • 51 – перевод определенной суммы на текущий счет организации

В следующей графе проставляется сумма операции, ниже записывается фамилия работника, который получает деньги. В строке «Основание» записывается хозяйственная операция, на основании которой происходит снятие денег. Это чаще всего:

  • оплата труда сотрудников
  • выдача на хозяйственные нужды
  • наличные перечисляются на счет (расчетный)
  • выплаты по договорам аренды и т.д.

В следующей строке «Сумма» записывается сумма прописью. Строка «Приложение» – это документы, подтверждающие происходящие хозяйственные операции. Это может быть:

  • платежная ведомость
  • письменное заявление на хозяйственные нужды
  • квитанция к объявлению на взнос наличными соответственно и т. д.

Ниже подписывается руководство организации. Если бухгалтера в организации нет, то за него расписывается руководитель.

Требования к оформлению РКО

Пример заполнения расходно-кассового ордера подтверждает, что РКО является финансовым документом, поэтому:

  • в записях не должно быть помарок, исправлений, ошибок
  • заверять расходник электронно-цифровой подписью нельзя
  • документ должен быть в бумажном виде

Выдача денег в кассе по РКО

Процедура выдачи денег в кассе

Деньги по расходному ордеру выдает кассир организации. В его обязанность входит проверить правильность оформления ордера и убедиться, что руководитель и главный бухгалтер поставили свои подписи в соответствующих строках. В ордере есть строка, где записаны паспортные данные получателя:

  • фамилия, имя, отчество должны быть в дательном падеже
  • перед выдачей кассир должен сверить паспортные данные в ордере с оригиналом, который обязан предоставить получатель

В строке «Получил» надо написать сумму из кассы, ниже проставить текущее число и расписаться тому лицу, которое непосредственно получает деньги.  После получения соответствующей суммы кассир должен поставить фамилию и расписаться.

Сейчас заполнение всех документов происходит на компьютере. В Указаниях Банка России № 3210-У отмечается, что расходник можно заполнять и от руки.

Упоминаний, что нельзя комбинировать автоматическое и ручное заполнение, тоже нет. Таким образом, при необходимости можно заполнить от руки те строки, которые не попали в расходник автоматически. Расходный документ заполняется в единственном числе и подшивается в кассовую книгу.

РКО в кредитных организациях

В банковских организациях тоже применяют РКО, только он имеет немного иную форму. Банк России в указаниях установил стандартный формуляр по ОКУД 0402009. Эта форма во многом схожа с той, которой пользуются некредитные организации, но есть и различия. Например, новые реквизиты:

Составление РКО в банке

  • талон отрывной к РКО № – указывается цифрами номер, который должен соответствовать РКО
  • дебет и кредит формируются, как того требуют положения Банка
  • свободное поле – заполняется, как того требуют правила, так называемого аналитического учета в случаях операций с драгоценными металлами. Этот порядок закреплен во внутреннем документе организации, учетной политике
  • символ – пишутся цифрами символы
  • шифр документа – это обозначение документа в цифрах
  • направление выдачи наличных денег – пишется направление выдачи, учитывая символы отчетности
  • свободное поле – пишутся реквизиты в соответствии с требованием учетной политики конкретной банковской организации

Руководство для бухгалтера

Новый правовой акт разрешает предпринимателям с 01.01.2013 создавать и использовать первичные формы документов. Но для РКО нужно использовать ранее утвержденные формы и заполнять их в соответствии с вышеуказанными правилами.

Таким образом, как видно из примера, составить документ РКО довольно просто. При составлении необходимо внимательно заполнить все поля документа без ошибок и помарок, иначе документ может быть признан недействительным.

Заметили ошибку? Выделите ее и нажмите Ctrl+Enter, чтобы сообщить нам.

Примеры и определение полезной аббревиатуры «RKO» • 7ESL

Если вы вообще любитель рестлинга, то вам уже знакома аббревиатура «РКО». Однако вы здесь, скорее всего, потому, что не являетесь поклонником рестлинга и столкнулись с кем-то, использующим эту аббревиатуру, и вам стало интересно, что она означает. Здесь вы найдете ответы, которые ищете, в том числе, что означает эта фраза, историю ее происхождения и некоторые другие значения, если они есть. Вы также увидите несколько примеров разговоров, которые иллюстрируют правильное использование этой фразы, чтобы помочь вам лучше понять ее значение.Наконец, вы увидите несколько синонимов, которыми можно заменить эту аббревиатуру и фразу, которую она представляет, если это вообще возможно.

РКО Значение

Что означает RKO?

Эта аббревиатура на самом деле является инициалами очень известного борца WWE « Рэнди Кейт Ортон », а также является названием его фирменного завершающего борцовского приема «Рэнди Нокаут».

Происхождение РКО

Рэнди Ортон родился 1 апреля 1980 года и является профессиональным борцом в третьем поколении.После окончания средней школы он присоединился к морской пехоте, но в конечном итоге был с позором уволен со службы за два несанкционированных прогула и неподчинение прямому приказу вышестоящих офицеров. Он отбывал срок в военной тюрьме Кэмп-Пендлтон. Отсидев 38 суток на гауптвахте, он был освобожден. Вскоре после этого он дебютировал в рестлинге в 2002 году. Он поднялся по служебной лестнице от местных борцовских организаций до высшей лиги WWF, теперь известной как WWE. В 2002 году он провел свой первый матч с самой известной борцовской организацией и быстро стал любимцем болельщиков.

Другие значения

AS относится почти ко всем аббревиатурам, эта не отличается тем, что может представлять другие фразы, заголовки, имена и т. д. Некоторые другие вещи, которые может представлять эта аббревиатура, это «Radio Keith Orpheum», «Radio King Orchestra». », «Релятивистский клистронный осциллятор», «Сельский король Огайо» и «Рассел К. Осгуд». Есть и другие представления.

Примеры разговоров

Обсуждение между двумя друзьями через текстовое сообщение.

  • Друг 1 : Я большой поклонник борьбы, но я бы хотел, чтобы они вернули RKO.
  • Друг 2 : Я согласен. Он так хорошо сыграл роль плохого парня. Он был одним из лучших хилов в борьбе!

Онлайн-разговор между двумя пользователями на борцовском форуме.

  • Пользователь 1 : У RKO был один из лучших завершающих приемов!
  • Пользователь 2 : Не согласен.Stone Cold Stunner был лучшим завершающим приемом!
  • Пользователь 1 : У каждого свое мнение.

Синонимы РКО

Поскольку акроним наиболее известен как представление чьего-либо официального имени и его завершающего приема, который также хорошо известен, невозможно использовать синонимы для его представления. Это изменит значение и больше не будет ссылаться на исходную фразу или аббревиатуру.

Значение RKO Инфографика

Пин

Полный анализ путей на основе последовательности путем дифференциальной экстракции ДНК на чипе и РНК из одной клетки стадия лизиса, при которой сначала лизируется плазматическая мембрана для высвобождения цитоплазматической РНК, а затем лизируется ядерная мембрана для высвобождения ДНК.Микрофлюидный чип установлен в установке, способной влиять на клеточный поток и контролировать отдельные клетки и их обработку (рис. 1). На рис. 1а представлена ​​схема системы, а на рис. 1б показаны изображения. Система обеспечивает светлопольный и флуоресцентный

мониторинг клеток на месте и позволяет обрабатывать их в чипе с помощью ступенчатой ​​подачи реагентов. Движение ячеек и жидкостей-реагентов в чипе контролируется системой, управляемой давлением. Стадия нагрева и охлаждения обеспечивает термоциклирование чипа для амплификации нуклеиновых кислот. На рис. 1c показана компоновка и изображение используемых микросхем. Микрофлюидика, управляемая давлением, позволяет бесклапанному, пассивному, недорогому одноразовому чипу выполнять все необходимые функции. На рисунке 1d показано, как буфер PBS, подаваемый из других входных каналов I 1 и I 2 , толкает клетки, вытекающие из входа S в камеру для отходов, в направлении ловушек, каждая из которых соединена с отдельными выходами (O я , где i — от 1 до 8).

Рисунок 1

Прибор и чип для микрофлюидики с одной ячейкой. ( a ) Схема и ( b ) изображение установки для работы с одноячеечной платформой. Система представляет собой модифицированный Philips BioCell FluidScope и обеспечивает яркое поле (BF) и эпифлуоресценцию (FL) in-situ мониторинг клеток и их обработку, платформу для установки микрожидкостных чипов, автоматизацию фокусировки и управление потоком, управляемое давлением (подробности см. Методы). Отдельный модуль нагрева и охлаждения в комплекте (см. нижнюю половину рис.1b) обеспечивает амплификацию нуклеиновых кислот внутри чипа. Нижняя половина ( b ) также показывает положение, в котором установлен микрофлюидный чип, и прокладку, через которую подается управляемый давлением поток. ( c ) Схема и изображение одноразового литого под давлением микрожидкостного чипа. На диаграмме S обозначает ввод выборки, I 1 и I 2 , два входа буфера, O i . всего 8 выходов и W сливная камера.На вставке показан раздутый канал и две из 8 ловушек. ( d ) Схематическая диаграмма того, как клетки выравниваются в основном канале путем защемления потока и доставляются в ловушки ниже по течению.

На рис. 2а показаны различные этапы двухэтапного протокола лизиса для раздельной экстракции РНК и ДНК с использованием микрожидкостного чипа. Первые окрашенные кальцеином клетки захватывают в объемные ловушки pl. Флуоресценция кальцеина позволяет отслеживать наличие и движение этих жизнеспособных клеток.Затем наносят первый буфер для лизиса (0,5x TBE, содержащий 0,5% (об./об.) Triton X-100, к которому добавлен краситель YOYO-1, интеркалирующий ДНК). Этот буфер лизирует клеточную мембрану, высвобождая содержимое цитозоля в выходы ловушки, заполненные 10-20  мк л не содержащей нуклеазы H 2 O, оставляя ядро ​​с ДНК в ловушке. Этот процесс можно отслеживать в виде покадровой серии (рис. 2b), где в верхнем ряду показано светлое поле, в среднем ряду — флуоресцентное изображение, а в нижнем ряду — объединенные изображения.С помощью псевдоцветов была выделена флуоресценция кальцеина (зеленый) и YOYO-1 (синий). В первом столбце показана ситуация с захваченной ячейкой (см. стрелку). После нанесения первого лизирующего буфера исчезает флуоресценция кальцеина (вторая колонка). Через ≃3 минут сигнал флуоресценции снова появляется, когда краситель YOYO-1 окрашивает ДНК (третий столбец). Содержимое цитозоля каждой отдельной клетки лизируется и собирается из отдельного выхода и обрабатывается вне чипа для синтеза и амплификации кДНК.Затем ядерный лизис проводят со вторым буфером (0,5x TBE, содержащим 0,5% (об./об.) Triton X-100 и протеазу К). Это вызывает исчезновение ДНК из ловушек в выходы; см. четвертый столбец рис. 2b. После добавления реагента для полногеномной амплификации (WGA) систему помещают на 30 °C для встроенной WGA. Последним этапом является термическое уничтожение при 60 °C для завершения процесса амплификации. Впоследствии каждый образец собирают и отправляют с соответствующим образцом кДНК для секвенирования.

Рисунок 2

Двухэтапный лизис. ( a ) Схема технологического процесса: одна клетка попадает в ловушку, и ее мембрана лизируется, высвобождая собранную мРНК. Затем ДНК окрашивают флуоресцентным красителем YOYO-1, чтобы подтвердить ее присутствие в ловушке перед ее лизисом, и геномную ДНК можно будет собрать на выходе. ( b ) Яркое поле, флуоресценция и объединенные покадровые изображения с прибора во время отлова, лизиса клеточной мембраны (потеря цитозольного красителя) и окрашивания ядерной ДНК, оставшейся в клеточной ловушке.Масштабная линейка соответствует 15  мкм м. Белая стрелка на светлопольном изображении показывает положение захваченной клетки. На объединенном изображении флуоресценция показана в цвете.

Функциональную активность канонического пути Wnt анализировали с помощью байесовской сети, которая представляет его программу транскрипции 6, 12 с тремя типами узлов: (а) транскрипционным комплексом (ТК), (б) генами-мишенями Wnt и (в). ) измерения уровня экспрессии генов-мишеней (фиг.3а). Модель количественно описывает связь между TC и генами-мишенями, а также между каждым геном-мишенью и связанными с ним измерениями. Как только такая модель построена на основе предварительных знаний о том, какие гены и уровни экспрессии следует включить, ее можно использовать для вновь проанализированных образцов путем ввода измеренных значений их экспрессии и применения байесовского рассуждения для вывода вероятности того, что TC должен иметь был активен 6, 15 . Первоначальная байесовская модель пути Wnt, включающая 34 гена-мишени, построенная с использованием данных микрочипа 6, 16 , адаптирована к данным секвенирования РНК здесь.Сначала модель была откалибрована по данным секвенирования РНК из образцов с известным статусом активности Wnt на основе анализа данных микрочипа (см. GSE 24795) и литературы 17 с использованием журнала измерений 2 RPKM (прочтений на килобазы на миллион сопоставленных прочтений). ): два образца LS180 и SW1222 с активными Wnt и два образца RKO с неактивным Wnt, показанные в качестве первой группы на рис. 3c.

Рисунок 3

Полные результаты анализа пути Wnt. ( a ) Структура байесовской сети, используемой для моделирования транскрипционной активности пути передачи сигнала.( b ) На панели показаны предполагаемые драйверные мутации, идентифицированные в генах CTNNB1 , KRAS и PIK3CA для этих образцов с использованием ДНК, полученной из одной и той же одиночной клетки, для которой шансы на активность Wnt показаны в соответствующие столбцы ниже ( c ). ( c ) Результаты анализа модели пути Wnt для изученных образцов. Каждый результат выборки представлен полосой с разными цветами для каждой линии клеток, как указано.На оси Y показаны предполагаемые шансы того, что путь Wnt будет активным (включен) по сравнению с неактивным (выключен) в логарифмической шкале. Для калибровки использовали РНК, выделенную из четырех экспериментов с клеточными линиями рака толстой кишки, о которых было известно, что Wnt является активным (LS180, оранжевый; SW1222 желтый) или неактивным (RKO, серый) на основании анализа данных микрочипов (см. GSE 24795) и литература 17 . Впоследствии модель была проверена для образцов LS174T (зеленый) и CC20 (черный), которые, как известно, являются Wnt (не)активными, на основании анализа данных микрочипа (см. GSE 24795) и литературы 18 .Наконец, шансы активности Wnt были выведены для обработанных отдельных клеток: LS174T (зеленый) и RKO (серый). Все клетки были правильно классифицированы как активные или неактивные Wnt. ( d ) Кластерный график экспрессии генов для данных отдельных клеток для клеток LS174T и RKO, включая данные экспрессии для групповых эталонных образцов (LS180, SW122, RKO, LS174T и CC20) по 34 генам, составляющим профиль Wnt, который перечислены справа 6 . Цветовая шкала, также показанная слева, указывает степень, в которой экспрессия гена выше (красный) или ниже (синий) его порогового значения, установленного для отделения активных и неактивных калибровочных образцов.См. основной текст, чтобы узнать, как вариации экспрессии отдельных генов преобразуются в результирующие шансы для активности транскрипционного комплекса Wnt, т.е. путь Wnt является (не)активным.

Впоследствии калиброванная модель была использована для вновь проанализированных образцов, чтобы сделать вывод о вероятности активности TC. Модель правильно классифицировала образцы CC20 и дополнительные образцы LS174T как неактивные Wnt и активные Wnt, соответственно (обозначенные как «проверка» на рис. 3c), с учетом предыдущего микрочипа (см. GSE24795) и литературных данных 18 .Эта проверка также показала, что количество вводимой РНК (1 или 10 нг) не влияло на результаты (первые два «проверочных» образца на рис. 3c). Для клеточных линий LS174T не было обнаружено никаких различий в зарегистрированной активности пути, независимо от того, использовалась ли очищенная РНК, извлеченная из объемных образцов, или сами клетки (например, сырой лизат) непосредственно в качестве исходных данных. Это важно, потому что в экспериментах с отдельными клетками входными данными будут служить клетки, а не очищенная РНК. Наконец, не было никакой разницы в прогнозируемой активности пути между образцами клеточных линий из Института Уэзеролла (Оксфорд) или образцами, приобретенными в ATCC; даже когда в качестве входных данных использовалось 3–4 клетки (данные не показаны).Наконец, были проанализированы измерения секвенирования РНК отдельных клеток (группа «отдельных клеток» на рис. 3c). Все семь проанализированных одиночных клеток LS174T (зеленые) были классифицированы как активные Wnt, что показывает, что байесовская модель может определять активность Wnt в отдельных клетках. Эти отдельные клетки не были синхронизированы, чтобы оценить силу нашего подхода к определению активности пути в гетерогенном пуле клеток. На рисунке 3d показан кластерный график вероятности того, что гены в байесовской модели Wnt регулируются вверх или вниз по сравнению с пороговыми значениями, установленными на этапе калибровки.Хотя уровни экспрессии РНК отдельных генов различались между клетками (см. рис. 3d), модель надежно делает вывод об активности пути Wnt, поскольку использует панель из 34 генов-мишеней.

Активация некоторых генов в проверочных образцах LS174T с использованием РНК в качестве исходных данных (первые четыре зеленые полосы) не повышалась при использовании 1000 клеток (с аналогичным содержанием РНК) и отдельных клеток. Эти гены обычно экспрессируются на низком уровне, что делает их склонными к нарушениям процесса амплификации из-за наличия неочищенного клеточного содержимого.Тем не менее, исходя из рассчитанных шансов присутствия TC в этих образцах (отношение шансов ~ 1: 1000), путь Wnt активен, несмотря на то, что некоторые из этих генов больше не активируются. Байесовская модель Wnt была построена таким образом, чтобы придать большее значение генам с повышенной регуляцией в тестовых образцах примерно в пять раз, чем генам без положительной регуляции (см. таблицы вероятностей в уравнении (1) 6 ) из-за собственный шум в биологических системах. Существует ряд смешанных факторов, которые могут снижать экспрессию гена, даже если путь и его транскрипционный комплекс активны 19 .Байесовское моделирование очень подходит для борьбы с этим шумом. В качестве отрицательного биологического контроля мы проанализировали отдельные клетки RKO (серые), о которых известно, что они неактивны в отношении Wnt на основании данных микрочипов (см. GSE24795). Как показано на рис. 3c, все 6 исследованных клеток были признаны неактивными Wnt. Таким образом, наша модель пути правильно классифицировала все 7 активных Wnt и 6 неактивных Wnt проверочных образцов (точный критерий Фишера p = 0,0006).

Для тех же клеток была секвенирована ДНК, выделенная и амплифицированная на чипе. На рисунке 4 показаны графики Лоренца (а) и графики покрытия (б), полученные для этих данных.График Лоренца на рис. 4а отображает кумулятивную долю общего числа прочтений в зависимости от кумулятивной доли охваченного генома. Преимущество графика Лоренца состоит в том, что он обеспечивает хорошее представление разнообразия покрытия даже при низком покрытии. В наших первоначальных экспериментах процент непокрытых баз был высоким и варьировался. После улучшения регулирования температуры процент непокрытых оснований удалось снизить до 10,6 ± 0,9% при средней глубине считывания 16,2 ± 1,0, что близко к 8.4% непокрытых оснований, полученных для объемной выборки (см. Дополнительную таблицу S1), что важно для идентификации мутации драйвера. Кроме того, это также выгодно отличается от предыдущих методов секвенирования отдельных клеток. Для метода множественных циклов отжига и амплификации на основе петель (MALBAC) было достигнуто покрытие от 85 до 93% (≥1x) 20 . Другие (лабораторные) методы секвенирования РНК и ДНК отдельных клеток обеспечивают охват от 62 до 80% (при 0,6–2,5x) для DR-seq 13 и 67. 2 ± 8,1% для G&T-seq с использованием амплификации с множественным смещением (MDA) 14 . Обратите внимание, что в некоторых публикациях эти цифры приводятся по сравнению с общим охватом 20 . Таким образом, наши результаты показывают преимущество амплификации ДНК на чипе для анализа ДНК отдельных клеток для улучшения охвата. На рисунке 4b показан график покрытия для этих данных, т. е. процент покрытого генома в зависимости от глубины покрытия. Этот график полезен, поскольку он показывает процент баз, которые достигают 20- или 30-кратного охвата, обычно используемого для вызова SNP.Обратите внимание, что дальнейшее секвенирование сдвинет долю оснований с достаточным охватом, но не улучшит долю покрытых оснований, поскольку это определяется начальной потерей ДНК на первом этапе амплификации.

Рисунок 4

Графики Лоренца и покрытия. ( a ) График Лоренца и ( b ) график охвата секвенированием ДНК для образцов одиночных клеток LS174T (зеленые линии) и массивного образца LS174T (черные), показанных в качестве эталона.

Из анализа мутаций данных секвенирования ДНК для образцов с хорошим охватом, C ≥ 70% генома, известна известная драйверная мутация в CTNNB1 (c.134 C > T) для пути Wnt в клеточной линии LS174T. найдено, см. рис. 3b. Эта мутация CTNNB1 приводит к замене аминокислоты S45F, которая изменяет потенциальные сайты фосфорилирования GSK-3 β β -катенина, тем самым препятствуя его деградации и, следовательно, приводя к активации транскрипции TCF4/ β -катенина. комплекс, управляющий каноническим путем Wnt 21 .Также были обнаружены другие известные мутации клеток LS174T в KRAS (c.35 G > A) и PIK3CA (c.3140 A > G), см. рис. 3b. Анализ мутаций одиночных клеток RKO показал дикий тип CTNNB1 в 5 из 5 клеток (одна имела недостаточное покрытие), как и ожидалось для RKO и соответствует неактивности пути Wnt. Анализ ДНК отдельных клеток RKO показал KRAS дикого типа в 5 из 5 клеток и мутантный PIK3CA в 5 из 5 клеток. Последняя мутация (c.3140 A > G) индуцирует активность пути PI3K в клетках RKO, а также в клетках LS174T, на что указывает неактивный транскрипционный фактор FOXO, хотя мы обнаружили экспрессию членов семейства FOXO.

Создание SDRF

Создание SDRF

SDRF (Формат отношения выборки и данных) описывает характеристики выборки и взаимосвязь между выборками, массивами, файлы данных и т. д. Информация в SDRF организована таким образом, чтобы следует естественному течению эксперимента по функциональной геномике.Начинается с описанием ваших образцов и заканчивается именами данных файлы, созданные в результате анализа результатов эксперимента. Для данные одноканального микрочипа: одна строка в SDRF равна одной гибридизация. Для данных двухканального микрочипа одна строка равна одной канал. Для последовательного представления вы обычно создаете одну строку для каждого необработанного файла. файл.


Эксперимент можно описать в виде графика, на котором узлы графа соответствуют материалам или файлам данных, а ребра графа (или дуги) соответствуют обработкам.Каждый блок на схеме выше будет представлен в виде узла на таком графе с обработкой (протоколы), действующие как ребра. Каждый блок узла начинается с «Имени» или Столбец «Файл» (например, «Имя источника», «Имя извлечения», «Файл данных массива») идентификация типа узла, за которым следует набор столбцов атрибутов (например, Характеристики [организма]). Каждый блок отделен от своего предшественник по краю графика REF протокола столбцы, содержащие ссылки на значения «Имя протокола», определенные в ЦАХАЛ.Дополнительный набор столбцов используется для указания значений для переменные («экспериментальные факторы») внутри эксперимента. Эти столбцы Factor Value[] ссылаются на Имена экспериментальных факторов определены в IDF и должны быть помещены в конце SDRF. Содержимое этих столбцов обычно дублирует содержание в материале. Столбец характеристик или столбец значения параметра протокола.

Топ

Пример секций SDRF

Протоколы

В большинстве случаев каждое лечение в рамках эксперимента будет представлен просто столбцом Protocol REF содержащие ссылки на Протокол Имена, определенные в IDF.Если необходимо связать несколько протоколов вместе это может быть достигнуто с помощью нескольких столбцов «Protocol REF».

Кроме того, любой протокол Параметры, связанные с протоколом (как определено в IDF), должны их значения перечислены после столбца Protocol REF. Например, с этим в вашем IDF:

SDRF, описывающий использование этих протоколов, может выглядеть как следует:

Другие столбцы, которые могут использоваться для аннотирования этих протоколов REF столбцы: Исполнитель, Дата, и комментарий.

Источники

Источники — исходный материал для эксперимента. Секция начинается со столбца Source Name, который будет обычно сопровождаются несколькими характеристиками столбцы и столбец типа материала:

Дополнительные столбцы, которые могут использоваться для аннотирования источников: Provider, Description, и комментарий.

Образцы

Образцы представляют этапы цепочки обработки, применяемой к первоисточник.MAGE-TAB позволяет создавать столько шагов Sample, сколько необходимо:

Для отправки ArrayExpress, как правило, нет примеров шагов. нужный. Столбцы, которые могут использоваться для аннотирования проб: Характеристики[], Материал Тип, описание и комментарий.

Экстракты относятся к выделенной нуклеиновой кислоте, используемой в эксперимент. Опять же, можно использовать столько шагов извлечения, сколько необходимо. Например, если вам нужно представить отдельное выделение нуклеиновых кислот и этапы иммунопреципитации хроматина в вашем SDRF, вы можете использовать два Извлечь шаги.Однако в большинстве случаев один столбец «Извлечь имя» достаточно:

Столбцы, которые могут использоваться для аннотирования выдержек: Характеристики[], Материал Тип, описание и комментарий.

Помеченные экстракты в эксперименте — это те материалы, которые были конъюгированы с какой-либо меткой перед гибридизацией на массив. Обычно есть только один помеченный этап извлечения. Для отправки в ArrayExpress столбец Label должен быть включены в маркированный экстракт Столбец имени, чтобы указать, какая метка (и, следовательно, канал сканера) какому образцу соответствует:

Обратите внимание, что целесообразно также включить метку в список извлечь само имя, чтобы уникальные объекты правильно создавались для каждый меченый экстракт. Столбцы, которые можно использовать для аннотирования. Выдержки: характеристики[], тип материала, описание, и комментарий.

Анализы

Гибридизация меченого экстракта с массивом или секвенирование библиотеки — ключевой шаг в SDRF, поскольку он соединяет раздел «материалы» SDRF в раздел «данные». Для массива представление в ArrayExpress, массив Столбец Design REF должен быть включен в анализ. Столбец имени, указывающий, какой дизайн массива использовался

Также можно использовать столбцы комментариев для аннотирования столбцов «Имя анализа» и «Ссылка на конструкцию массива».Обратите внимание, что значения в столбцах «Название анализа» могут использоваться в файлах Data Matrix для связи столбцы данных для отдельных анализов.

Сканы

При желании процесс сканирования гибридного массива может быть представлен в виде отдельного узла на экспериментальном графе и закодирован в SDRF с использованием столбцов Scan Name. Эти столбцы являются необязательными, но могут быть полезны в случаях, когда, например. несколько сканов имеют сделан из единого гибридного массива, но файлы данных не явно отразить это:

Опять же, столбцы комментариев могут использоваться для дополнительно аннотируйте столбцы Scan Name, где это уместно.Обратите внимание, что значения в столбцах Scan Name могут использоваться в файлах Data Matrix для связи столбцы данных для отдельных событий сканирования.

Файлы необработанных данных

Файлы необработанных данных, созданные в ходе расследования, должны быть перечислены в столбце файла данных массива после столбцов «Имя анализа» и (необязательно) «Имя сканирования»:

.

Столбцы комментариев можно использовать для добавления информация, относящаяся к необработанным файлам.Например, если вы кодируете эксперимент на основе Affymetrix, и вы хотите включить файлы EXP в ваше представление, вы должны перечислить их в столбце «Комментарий [EXP]» после столбца «Файл данных массива», как показано выше.

Нормализации

Аналогично использованию Scan Name столбцы выше, можно представить акт нормализации ваших данных независимо от листинга данных сами файлы.Это делается с помощью дополнительного столбца «Имя нормализации»:

.

Опять же, столбцы комментариев могут использоваться для дополнительно аннотируйте столбцы «Имя нормализации», если это необходимо. Обратите внимание, что значения в столбцах «Имя нормализации» могут использоваться в Файлы матрицы данных в связать столбцы данных с отдельными событиями нормализации.

Обработанные файлы данных

Обработанные файлы данных, которые были получены из необработанных данные должны быть перечислены в файле данных производного массива столбец. Обратите внимание, , что это обычно относится только к обработанным данным. организованы в один файл для анализа (или сканирования, или нормализации). Если ваш файлы содержат обработанные столбцы данных для более чем одного анализа, вы должны переформатируйте их в MAGE-TAB Формат матрицы данных и вместо этого включите их в файл матрицы данных производного массива. столбец. Можно зафиксировать несколько шагов нормализации:

В приведенном выше примере столбцы из файла «RMANormData.текстовые данные файл матрицы может быть связан либо с названиями тестов, либо с предыдущим набор имен нормализации, позволяющий гибко представлять поток данных в процессе. Дополнительные сведения см. в примечаниях к матрице данных. того, как эти ссылки закодированы в заголовке файла матрицы данных.

Столбцы комментариев могут использоваться для добавления информация, относящаяся к обрабатываемым файлам данных. Например, при кодировании эксперимент на основе Affymetrix с файлом матрицы данных, как в В приведенном выше примере столбец Comment[CDF] следует использовать для указания того, какой К этим данным применяется файл библиотеки Affymetrix («CDF»).

Значения факторов

Значения фактора для эксперимента – это значения исследуемые переменные. Например, эксперимент по изучению влияние различных соединений на клеточную культуру будет иметь «составное» как экспериментальная переменная. Эти переменные перечислены в IDF как «Имена экспериментальных факторов» со связанными типами:

Учитывая приведенные выше определения в прилагаемой IDF, SDRF Затем файл может ссылаться на эти факторы, когда мы приходим к списку факторов значения:

Обратите внимание, что между значениями коэффициентов неизбежно дублирование и значения, введенные где-либо еще в SDRF.Особенно часто встречается столбец «Значение фактора» должен дублировать столбец «Характеристики[]» или столбец «Значение параметра[].

Столбцы «Значение фактора» можно размещать в любом месте после анализа. раздел SDRF, хотя этого проще всего добиться, добавив их в конце (т. е. крайнем правом) SDRF.

Топ

Все допустимые заголовки столбцов SDRF

Имя источника

Используется как идентификатор в документе MAGE-TAB.Этот столбец содержит определяемые пользователем имена для источника материалы. Следующие столбцы можно использовать для аннотации «Имя источника». столбцы:

Название образца

Используется как идентификатор в документе MAGE-TAB. Этот столбец содержит определяемые пользователем имена для каждого образца материал. Следующие столбцы можно использовать для аннотации «Имя образца». столбцы:

Используется как идентификатор в документе MAGE-TAB.Этот столбец содержит определяемые пользователем имена для каждого экстракта материал. Следующие столбцы можно использовать для аннотации «Извлечь имя». столбцы:

Используется как идентификатор в документе MAGE-TAB. Этот столбец содержит определяемые пользователем имена для каждого Извлечь материал. Следующие столбцы можно использовать для аннотирования «Помеченные Извлечь» Имя столбца:

Название анализа

Используется как идентификатор в документе MAGE-TAB.Этот столбец содержит определяемые пользователем имена для каждого анализа. Следующие столбцы можно использовать для аннотирования столбцов «Имя ПЦР»:

Обратите внимание, что начиная с MAGE-TAB версии 1.1 все столбцы «Имя анализа» должен сопровождаться столбцом «Тип технологии».

Имя сканирования

Используется как идентификатор в документе MAGE-TAB. Это необязательный столбец содержит определяемые пользователем имена для каждого сканирования мероприятие. Следующие столбцы можно использовать для аннотации «Имя сканирования». столбцы:

Имя нормализации

Используется как идентификатор в документе MAGE-TAB. Это необязательный столбец содержит определяемые пользователем имена для каждого события нормализации. Последующий столбцы могут использоваться для аннотирования столбцов «Имя нормализации»:

Файл данных массива

Этот столбец содержит список необработанных файлы данных, по одному на каждую строку файла SDRF, связывающие эти файлы данных к их соответствующим анализам. Следующие столбцы можно использовать для аннотировать столбцы «Файл данных массива»:

Файл данных производного массива

Этот столбец содержит список обработанных файлов данных, один для каждую строку файла SDRF, связывая эти файлы данных с их соответствующими пробы.Следующие столбцы можно использовать для аннотации «Производный массив Файл данных» столбцы:

Файл матрицы данных массива

Этот столбец содержит список файлов матрицы необработанных данных, где данные из нескольких анализов хранится в одном файле, а данные сопоставляются с каждый анализ через Data Сам матричный формат. Следующие столбцы можно использовать для аннотирования Столбцы «Файл матрицы данных массива»:

Производные данные массива Файл матрицы

Этот столбец содержит список обработанных файлов матрицы данных, где данные нескольких анализов хранятся в одном файле, а данные сопоставляется с каждым анализом (или сканированием, или нормализацией) через сам формат Data Matrix.То следующие столбцы можно использовать для аннотирования «матрицы данных производного массива». Файл» столбцы:

Файл изображения

Этот необязательный столбец содержит список файлов изображений, по одному для каждого строку файла SDRF, связывающую эти файлы изображений с соответствующими проба. Обратите внимание, что ArrayExpress не хранит данные изображения из-за размера ограничения на базу данных. При желании вы можете использовать эту колонку для включите ссылки на файлы изображений, хранящиеся на вашем локальном веб-сервере. То следующие столбцы можно использовать для аннотирования столбцов «Файл изображения»:

Массивная конструкция REF

Этот столбец содержит ссылки на дизайн массива, используемый для каждого проба. Для отправки ArrayExpress это должен быть ArrayExpress. инвентарный номер, например «А-АФФИ-33». Помогите найти массив Дизайн присоединения можно найти здесь. Следующие столбцы можно использовать для аннотирования столбцов «Array Design REF»:

Столбец Term Source REF здесь может использоваться для указания на источник упомянутого проекта массива; однако для ArrayExpress представлений это всегда должен быть сам ArrayExpress, и поэтому это столбец фактически игнорируется.

Протокол REF

Этот столбец содержит ссылки на имена протоколов, определенные в IDF или регистрационные номера протоколов, уже депонированных в МассивЭкспресс. Следующие столбцы можно использовать для аннотирования «Протокол». ССЫЛКА» столбцы:

Столбец «Term Source REF» здесь можно использовать для указания на источник протокола. Для материалов ArrayExpress это всегда должен быть самим ArrayExpress и подходящим ArrayExpress Term Источник должен быть определен в IDF.

Характеристики[
<категория срок>]

Контролируемый словарный термин или измерение. Используется как атрибут столбец после имени источника, имени образца, извлечения Имя или Имя помеченного экстракта. Этот столбец содержит термины, описывающие каждый материал в соответствии с Категория характеристик указана в заголовке столбца. Например, колонка под названием «Характеристики [часть организма]» будет содержать отдельные термины частей организма, например «ухо».Эти термины могут быть определены пользователем (по умолчанию), из внешнего источника онтологии (указывается с помощью Term столбец Source REF) или измерение (указывается с помощью столбца Unit[]).

Провайдер

Используется как столбец атрибутов после источника Имя. Строка произвольного текста, идентифицирующая организацию или человека из который был получен Источник.

Тип материала

Контролируемый словарный термин.Используется в качестве столбца атрибута после Название источника, образец Имя, Имя извлечения или Имя помеченного извлечения. Этот столбец содержит термины, описывающие тип каждого материала, например: весь организм, часть организма, клетка, тотальная РНК. Следующие столбцы могут быть используется для аннотирования столбцов типа материала:

Столбец Term Source REF в этом случае будет указывать на онтология (определенная в IDF), из которого взяты термины типа материала.

Этикетка

Контролируемый словарный термин. Используется в качестве столбца атрибута после Маркированное название экстракта. Этикетка соединение, которое конъюгируют с экстрактом для создания меченого Извлекать. Примеры: Cy3, Cy5, биотин, alexa_546. Следующие столбцы можно использовать для аннотирования столбцов Label:

Столбец Term Source REF в этом случае будет указывать на онтология (определенная в IDF), из которого взяты термины Label.

Тип технологии

Контролируемый словарный термин. Используется в качестве столбца атрибута после Название анализа. Этот столбец содержит термины описание типа каждого анализа, например, массива анализ или секвенирование анализ . Следующие столбцы можно использовать для аннотирования типа технологии. столбцы:

Столбец Term Source REF в этом случае будет указывать на онтология (определенная в IDF), из которого взяты термины типа технологии.

Значение фактора[
<экспериментальный фактор имя>]

Контролируемый словарный термин или измерение. Этот столбец содержит термины, описывающие экспериментальные значения факторов (т. е. переменных) для каждой строке SDRF. Название экспериментального фактора, к которому он относится (из сопроводительного ИДФ) должны быть указаны в заголовке графы. Например, если у вас есть это в вашем IDF:

Затем вы можете использовать этот коэффициент в своем SDRF (при условии, что у вас есть также определил источник термина «EFO» в вашем IDF):

Термины в столбце могут быть определены пользователем (по умолчанию), от внешний источник онтологии (указывается в столбце Term Source REF), или измерение (указывается с помощью столбца Unit[]).

В приведенном выше примере условия столбца будут рассматриваться как описание частей организма. Для более точного контроля лечения этих терминов доступна необязательная форма «Значение фактора [] ()», например «Значение фактора [условие ростаEF] (питательные вещества)».

Исполнитель

Используется как столбец атрибутов после протокола ССЫЛКА Имя исследователя или центра, куда был внесен протокол вне.

Дата

Используется как столбец атрибутов после протокола ССЫЛКА Дата (и время, если имеется) составления протокола. выполняется в следующем формате: ГГГГ-ММ-ДД.

Значение параметра[
<протокол параметр>]

Используется как столбец атрибутов после протокола столбцы REF. Этот столбец содержит значения для параметров протокола указано в заголовке столбца.Следующие столбцы можно использовать для аннотировать значение параметра [] столбцы:

Например, если определено имя протокола «Гибридизация массива». в сопроводительном IDF с параметрами протокола «hyb temp;hyb volume», допустимо следующее:


Блок[
<категория блока>]

Контролируемый словарный термин. Используется в качестве столбца атрибута после Характеристики[], значение фактора[] или параметр Стоимость[].Этот столбец содержит термины, описывающие единицы, которые будут применяться. к значениям в предыдущем столбце. Тип агрегата входит в заголовок столбца, например. «Единица [единица объема]». Эти типы единиц должны соответствуют подклассам Unit из EFO. Последующий столбцы могут использоваться для аннотирования столбцов Unit[]:

Столбец Term Source REF в этом случае будет указывать на онтология (определенная в IDF), из которого взяты термины Unit.

Описание

Используется как столбец атрибутов после источника Имя, Название образца, Экстракт Имя или Имя помеченного экстракта. А свободное текстовое описание, прикрепляемое к соответствующему материалу. К использовать экономно, если вообще использовать — большинство аннотаций следует предоставлять с использованием контролируемые словарные термины с использованием характеристик [] столбцы.

Источник термина REF

Используется как столбец атрибутов после любого контролируемого словаря колонка (т.g., Характеристики[]), или столбец, позволяющий ссылаться на внешние объекты (например, Protocol REF). Этот столбец содержит ссылки к источникам терминов онтологии или базы данных, определенным в IDF, и из которых были взяты значения из предыдущего столбца. Следующие столбцы могут использоваться для аннотирования столбцов Term Source REF:

Регистрационный номер термина

Используется как столбец атрибута после Term Исходные столбцы REF.Этот столбец содержит инвентарные номера из источник терминов, используемый для идентификации рассматриваемых терминов онтологии или базы данных. Например:

(Этот пример основан на EFO Источник термина был предварительно определен в IDF, сопровождающем СДРФ. )

Этот столбец можно использовать для аннотирования узла и ребра основного графа. столбцы, перечисленные выше. Он включен как механизм расширения, и обычно не следует использовать для кодирования значимой биологической аннотации.Заголовок столбца должен содержать название типа включенных значений. в колонке.

Топ

Анализ данных микрочипов | Термо Фишер Сайентифик

Кластерный анализ обычно используется для интерпретации данных микрочипов. Он обеспечивает как визуальное представление сложных данных, так и метод измерения сходства между экспериментами (соотношения генов). Широко используемые методы кластеризации данных микрочипов: иерархический, метод K-средних и самоорганизующаяся карта.В этой статье, второй в нашей серии о наборе для амплификации аРНК MessageAmp™ компании Ambion, мы представляем данные и статистический анализ экспериментов, проведенных докторами. Филип Моос и Брайан Далли из Университета штата Юта, Институт рака Хантсмана (HCI). Микрочипы, использованные в этом исследовании, были изготовлены в HCI и содержали 6912 клонов кДНК, депонированных в двух экземплярах с использованием споттера массивов Molecular Dynamics GEN III. Моос и Далли сравнили данные, полученные с помощью микрочипов HCI, гибридизированных с мРНК, и амплифицированной антисмысловой РНК (аРНК), полученной с помощью набора MessageAmp.

Тотальную РНК выделяли из клеток HCT116 и RKO, а аРНК амплифицировали из тотальной РНК (2 мкг). Для неамплифицированных образцов мРНК очищали с использованием шариков Oligotex (Qiagen). Чтобы оценить воспроизводимость амплификации РНК и сравнить представление сообщений в аРНК с сообщениями в мРНК, по три образца РНК RKO и HCT116 амплифицировали независимо. Качество и выход РНК, полученной из различных образцов, представлены на рисунке 2. Образцы мРНК или аРНК (2 мкг) были флуоресцентно помечены включением Cy3-dCTP (образцы RKO) или Cy5-dCTP (образцы HCT 116) во время обратной транскрипции с помощью случайные 9-меры. Каждое предметное стекло содержало повторяющиеся массивы, и каждый меченый образец РНК гибридизовали с двумя предметными стеклами (4 повтора). Дублированные гибридизации выполняли с каждым образцом РНК, и количественные данные представляли в виде средних значений слайдов, что приводило к 12 массивам для каждого образца аРНК и мРНК. Изображения были получены с использованием сканера массивов молекулярной динамики. Анализ данных микрочипа выполняли с использованием программного обеспечения Spotfire (Spotfire®, Somerville, MA).

Пример данных изображения, полученных из 4 из 12 сеток стандартного массива HCI из 6912 элементов, представлен на рисунке 1.Сравнение сигналов, полученных с использованием мРНК и аРНК, указывает на то, что амплификация РНК обеспечивает отличное соотношение сигнал/шум даже для генов с низким уровнем экспрессии.

Рис. 1. Анализ массивов из 6912 элементов. Изображение Данные 4 из 12 сеток стандартного микрочипа кДНК из 6912 элементов Онкологического института Ханстмана. мРНК или аРНК (2 мкг) подвергали обратной транскрипции в присутствии случайных нинмеров и красителей Cy™. Образцы HCT 116 были помечены Cy5-dCTP, тогда как клетки RKO были помечены Cy3-dCTP.Анализ данных микрочипа проводили с использованием программного обеспечения Spotfire (Spotfire®, Somerville, MA).

мРНК Образец ARNA Выход
260/280 +
РКО-1 2,12 37,0 мкг
РКО-2 2,15 28,7 мкг
РКО-2 2,12 26,8 мкг
HCT116-1 2,12 33.5 мкг
HCT116-2 212 36,2 мкг
HCT116-3 212 29,5 мкг

Рисунок 2. Выход усиленной РНК. Выходы, полученные после амплификации тотальной РНК (2 мкг) из клеток HCT116 и RKO с использованием набора MessageAmp™.


Иерархический кластерный анализ данных, полученных из 6912 элементов, был проведен с использованием анализа UPGMA (метод невзвешенных парных групп со средним арифметическим) (см. врезку «Методы кластеризации, используемые для анализа данных микрочипов») с функцией упорядочения на основе входных данных. классифицировать.Эти данные представлены в виде дендрограммы (древовидной диаграммы), где ближайшие ветви дерева представляют собой массивы с похожими паттернами экспрессии генов. На рис. 3 показаны данные иерархической кластеризации всех 6912 элементов. Результаты показывают, что существует большое сходство между массивами, гибридизованными с аРНК или мРНК. Несмотря на то, что общие паттерны сигналов, обнаруженные на гибридизированных массивах аРНК и мРНК, аналогичны, небольшое подмножество областей демонстрирует сигналы дифференциальной экспрессии (RKO / HCT116) между образцами аРНК и мРНК. Рис. 3. Иерархический кластерный анализ всех элементов массива. Данные иерархической кластеризации всех элементов массива HCl. Дендрограмма (древовидная диаграмма) изображает группировку генов на основе сходства между ними. Анализ UPGMA (невзвешенное среднее) был проведен с использованием «евклидова расстояния» для определения меры сходства и входного ранга в качестве функции упорядочения. На этом рисунке показано подмножество всех столбцов, составляющих полные данные.

Для получения статистически значимых данных для субобластей, которые различались между аРНК и мРНК (91 элемент), был проведен анализ средневзвешенного значения (WPGMA).Иерархическая кластеризация этих 91 элемента изображена на рисунке 4. Очевидно, что существует очень мало генов, которые четко разделяются на группы мРНК или аРНК. Важно отметить, что для тех генов, которые сегрегируют, различия (соотношения) экспрессии генов не меняют направление (т. е. RKO>HCT на HCT>RKO), но обнаруживают большие различия в образцах аРНК по сравнению с образцами мРНК (как определяется цветовым оттенком).

Рис. 4. Иерархический кластерный анализ выбранных элементов массива. Иерархический кластерный анализ нескольких выбранных генов (91 из 6912), которые сильно различаются между образцами аРНК и мРНК. Этот анализ был проведен с использованием метода средневзвешенного значения (WPGMA).

Альтернативная методология, используемая для понимания кластеризации данных микрочипов, — это кластеризация методом k-средних. Этот метод не страдает от некоторых проблем, связанных с иерархической кластеризацией, таких как нерелевантность данных об экспрессии генов по мере продвижения кластеризации или ложные результаты из-за ошибок в первоначальном назначении кластеров в анализе (2).Была определена кластеризация K-средних всех элементов массивов HCI с 6 кластерами (рис. 5). После 45 итераций был рассчитан общий балл 1,082e+004. Наиболее похожее «значение подобия» равно 0, а наименьшее «значение подобия» равно 1,798e+308. Эта группировка генов для идентификации наборов генов, которые, по-видимому, по-разному экспрессируются между аРНК и мРНК, привела к двум кластерам (91 элемент среди кластеров 5 и 6), которые имеют наибольшую разницу между аРНК и мРНК (рис. 6).


Рисунок 5. Кластерный анализ K-средних из 6912 элементов с использованием заданного пользователем номера кластера 6. Было выполнено 45 итераций для группировки генов в заданном кластере с использованием поиска на основе центроида данных. Общий балл был рассчитан как 1,082e+004. Наиболее близко сгруппированные гены имели значение сходства 0, а наименее похожий ген имел значение сходства 1,798e+308.
Рисунок 6. Дисперсионный анализ кластеров K-mean 5 и 6. Этот график указывает доверительный интервал данных. Было использовано значение p менее 0,0001, что указывает на то, что гены, представленные на этом графике, уникальны при пороговом значении 99,9999%.

Дисперсионный анализ (ANOVA) генов в кластерах 5 и 6 показал, что кластеры содержат гены, поведение которых различается между образцами мРНК и аРНК при доверительном интервале 99,99999% (p<0,00001). Измерения ANOVA обрабатывали отклонения от среднего значения по генам и учитывали дисперсию между выборками.

Анализ точечной диаграммы необработанных значений Cy3 и Cy5 всех 6912 элементов в пределах 5 генных кластеров показан на рисунке 7 (4 графика). Два верхних графика представляют все элементы, а два нижних изображают гены, которые показывают самые большие различия в сигнале. Большинство генов, различающихся между образцами, экспрессируются на более низких уровнях (слабый флуоресцентный сигнал). Эти различия были более преувеличены в образце аРНК, чем в образце мРНК, потому что отношение сигнал/шум обычно было намного больше в образце аРНК.Отдельные гены на панели аРНК могут быть элементами, которые не были четко различимы в образце мРНК из-за рибосомного загрязнения (27% в мРНК, использованной для этого анализа). Присутствие рибосомной РНК может увеличивать фон в образцах мРНК, что приводит к вариациям концентрации мРНК между образцами и снижению эффективности синтеза зонда кДНК. Таким образом, присутствие рибосомной РНК могло кумулятивно исказить обнаружение и количественную оценку генов, которые экспрессировались в очень низких количествах при использовании мРНК или тотальной РНК.


Рис. 7. Анализ диаграммы рассеяния для всех элементов массива. Показана диаграмма разброса значений Cy™5 и Cy™3, полученных для массива аРНК и мРНК. На двух верхних панелях изображены 6 кластеров (полученных после анализа кластеризации K-средних), содержащих все 6912 элементов. Подмножество элементов, которые различаются между двумя массивами и которые больше всего отклоняются по интенсивности сигнала, изображены на нижних панелях. Таким образом,

Амплификация РНК обеспечивает средства измерения экспрессии генов, транскрибируемых на очень низком уровне.Во многих случаях концентрация РНК в экспериментальном образце ниже оптимального количества, необходимого для синтеза меченой кДНК для анализа на микрочипах. MessageAmp является жизнеспособной технологией для увеличения выхода полезного зонда и может значительно снизить начальное количество РНК, необходимое для получения биологически значимых сигналов.

В будущих колонках мы продолжим сообщать о результатах исследований микрочипов MessageAmp, проведенных исследователями Ambion, нашими сотрудниками и нашими клиентами.

Потеря DIP2C в клетках RKO стимулирует изменения метилирования ДНК и эпителиально-мезенхимального перехода | BMC Cancer

  • IST Online, Medisapiens Inc., http://ist.medisapiens.com. По состоянию на 23 февраля 2016 г.

  • Sjöblom T, Jones S, Wood LD, Parsons DW, Lin J, Barber TD, Mandelker D, Leary RJ, Ptak J, Silliman N, et al. Консенсусные кодирующие последовательности рака молочной железы и колоректального рака человека. Наука. 2006; 314: 268–74.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Вуд Л.Д., Парсонс Д.В., Джонс С., Лин Дж., Сьоблом Т., Лири Р.Дж., Шен Д., Бока С.М., Барбер Т., Птак Дж. и др.Геномные ландшафты рака молочной железы и колоректального рака человека. Наука. 2007; 318:1108–13.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Jiao X, Wood LD, Lindman M, Jones S, Buckhaults P, Polyak K, Sukumar S, Carter H, Kim D, Karchin R, Sjoblom T. Соматические мутации в надрезе, NF-KB, PIK3CA и hedgehog-пути при раке молочной железы человека. Гены Хромосомы Рак. 2012;51:480–9.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Рудин С.М., Дуринк С., Стависки Э.В., Пуарье Дж.Т., Модрусан З., Шамес Д.С., Бергбауэр Э.А., Гуан И., Шин Дж., Гиллори Дж. и др.Комплексный геномный анализ идентифицирует SOX2 как часто амплифицируемый ген при мелкоклеточном раке легкого. Нат Жене. 2012;44:1111–6.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Виннепеннинкс Б., Дебакер К., Рамзи Дж., Смитс Д., Смитс А., ФитцПатрик Д.Р., Кой Р.Ф. Экспансия CGG-повторов в гене DIP2B связана с ломким сайтом FRA12A на хромосоме 12q13.1. Am J Hum Genet. 2007; 80: 221–31.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Танака М., Мураками К., Одзаки С., Имура И., Тонг Х.П., Ватанабэ Т., Саваки Т., Каванами Т., Кавабата Д., Фуджи Т. и др.Гомолог а диско-взаимодействующего белка 2 DIP2 (дрозофила) является рецептором-кандидатом для фоллистатин-родственного белка/фоллистатин-подобного 1 — анализ их связывания с белками суперсемейства TGF-бета. FEBS J. 2010; 277:4278–89.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Мухопадхьяй М., Пелка П., ДеСуза Д., Каблар Б., Шиндлер А., Рудницки М.А., Кампос А.Р. Клонирование, геномная организация и характер экспрессии нового гена дрозофилы, диско-взаимодействующего белка 2 (dip2) и его мышиного гомолога. Ген. 2002; 293:59–65.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Эггер Г., Ретцер К.М., Нур А., Лайонел А.С., Махмуд Х., Шварцбраун Т., Борайт О., Михайлов А., Маршалл К.Р., Виндпассингер К. и др. Идентификация генов риска расстройства аутистического спектра посредством анализа вариаций числа копий в австрийских семьях. Нейрогенетика. 2014; 15:117–27.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Пельманс Г., Энгелен Дж.Дж., Ван Лент-Альбрехтс Дж., Смитс Х.Дж., Шенмакерс Э., Франке Б., Бьютелаар Дж.К., Вуисман-Фреркер М., Эренс В., Стейарт Дж., Шрандер-Штумпель К.Идентификация новых генов-кандидатов дислексии посредством анализа хромосомной делеции. Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. 2009; 150Б: 140–7.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Клоза А., Кордеро Д., Санс-Памплона Р., Соле Х., Кру-Боу М., Паре-Брюне Л., Беренгер А., Гино Э., Лопес-Дорига А., Гвардиола Х. и др. Идентификация генов-кандидатов предрасположенности к колоректальному раку с помощью анализа eQTL. Канцерогенез. 2014;35:2039–46.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Стойменов И., Али М.А., Панджич Т., Сьоблом Т.Вычислительные и молекулярные инструменты для масштабируемого редактирования генома с помощью rAAV. Нуклеиновые Кислоты Res. 2015;43:e30.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Rago C, Vogelstein B, Bunz F. Генетические нокауты и нокауты в соматических клетках человека. Нат Проток. 2007; 2: 2734–46.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Топалоглу О., Хёрли П.Дж., Йилдирим О., Сивин С.И., Бунц Ф.Усовершенствованные методы создания нокаутных и нокаутных клеточных линий человека. Нуклеиновые Кислоты Res. 2005;33:e158.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Парсон В., Кирхебнер Р., Мюльманн Р., Реннер К., Кофлер А., Шмидт С., Кофлер Р. Идентификация линии раковых клеток с помощью профилирования коротких тандемных повторов: мощность и ограничения. FASEB J. 2005; 19: 434–6.

    КАС пабмед Google ученый

  • Проект Illumina iGenomes. http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.ilmn. По состоянию на март 2014 г.

  • Kim D, Pertea G, Trapnell C, Pimentel H, Kelley R, Salzberg SL. TopHat2: точное выравнивание транскриптомов при наличии вставок, делеций и слияний генов. Геном биол. 2013;14:R36.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Трапнелл С., Уильямс Б.А., Пертеа Г., Мортазави А., Кван Г., ван Барен М.Дж., Зальцберг С.Л., Уолд Б.Дж., Пахтер Л.Сборка транскриптов и количественная оценка с помощью RNA-Seq выявляют неаннотированные транскрипты и переключение изоформ во время дифференцировки клеток. Нац биотехнолог. 2010;28:511–5.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Либерзон А., Биргер С., Торвальдсдоттир Х., Ганди М., Месиров Дж. П., Тамайо П. База данных молекулярных сигнатур (MSigDB), коллекция наборов отличительных генов. Сотовая система 2015;1:417–25.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Хуан Д.В., Шерман Б.Т., Лемпицки Р.А.Систематический и комплексный анализ больших списков генов с использованием ресурсов биоинформатики DAVID. Нат Проток. 2009; 4:44–57.

    КАС Статья Google ученый

  • Эдгар Р., Домрачев М., Лаш А.Е.Омнибус экспрессии генов: экспрессия генов NCBI и хранилище данных массива гибридизации. Нуклеиновые Кислоты Res. 2002; 30: 207–10.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Бакши С., Чжан С., Годой-Тундидор С., Ченг Р.Ю., Сартор М.А., Медведович М., Хо С.М. Транскриптомные анализы в нормальных эпителиальных клетках предстательной железы при воздействии низких доз кадмия: онкогенные и иммуномодуляторы, связанные с действием фактора некроза опухоли.Перспектива охраны окружающей среды. 2008; 116: 769–76.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Се Ф., Сяо П., Чен Д., Сюй Л., Чжан Б.miRDeepFinder: инструмент анализа миРНК для глубокого секвенирования малых РНК растений. Завод Мол Биол. 2012;80(1):75–84.

  • Triche TJ Jr, Weisenberger DJ, Van Den Berg D, Laird PW, Siegmund KD. Низкоуровневая обработка массивов метилирования ДНК Illumina Infinium BeadArrays. Нуклеиновые Кислоты Res. 2013;41:e90.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • R: Язык и среда для статистических вычислений.R Core Team, R Foundation for Statistical Computing, Вена, Австрия, 2014 г. https://www.R-project.org.

  • Проект «Биопроводник». www.bioconductor.org. По состоянию на ноябрь 2014 г.

  • Марабита Ф., Альмгрен М., Линдхольм М.Е., Рурманн С., Фагерстром-Биллай Ф., Ягодик М., Сандберг С.Дж., Экстром Т.Дж., Тешендорф А.Е., Тегнер Дж., Гомес-Кабреро Д. Оценка конвейеров анализа для профилирования метилирования ДНК с использованием платформы Illumina HumanMethylation450 BeadChip. Эпигенетика.2013; 8: 333–46.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Geback T, Schulz MM, Koumoutsakos P, Detmar M. TScratch: новый и простой программный инструмент для автоматизированного анализа однослойных тестов на заживление ран. БиоТехники. 2009; 46: 265–74.

    КАС пабмед Google ученый

  • Кумари Р., Кохли С., Дас С. Регуляция p53 при генотоксическом стрессе: тонкости и сложности. Мол Селл Онкол. 2014;1:e969653.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Kim WY, Sharpless NE. Регуляция INK4/ARF при раке и старении. Клетка. 2006; 127: 265–75.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Поляк К., Вайнберг Р.А. Переходы между эпителиальными и мезенхимальными состояниями: приобретение признаков злокачественных и стволовых клеток.Нат Рев Рак. 2009; 9: 265–73.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • May CD, Sphyris N, Evans KW, Werden SJ, Guo W, Mani SA. Эпителиально-мезенхимальный переход и раковые стволовые клетки: опасно динамичный дуэт в прогрессировании рака молочной железы. Рак молочной железы Res. 2011;13:202.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Lee GE, Kim JH, Taylor M, Muller MT. Белок, ассоциированный с ДНК-метилтрансферазой 1 (DMAP1), является корепрессором, который стимулирует глобальное и локальное метилирование ДНК в местах репарации двухцепочечных разрывов.Дж. Биол. Хим. 2010; 285:37630–40.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Раунтри М.Р., Бахман К.Е., Байлин С.Б. DNMT1 связывает HDAC2 и новый ко-репрессор, DMAP1, с образованием комплекса в очагах репликации. Нат Жене. 2000; 25: 269–77.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Белл Дж.Т., Пай А.А., Пикрелл Дж.К., Гаффни Д.Дж., Пике-Реги Р., Дегнер Дж.Ф., Гилад И., Притчард Дж.К.Паттерны метилирования ДНК связаны с генетическими изменениями и изменениями экспрессии генов в клеточных линиях HapMap. Геном биол. 2011;12:R10.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ньюман С., Ховарт К.Д., Гринман К.Д., Бигнелл Г.Р., Таваре С., Эдвардс П.А. Относительное время мутаций в геноме рака молочной железы. ПЛОС Один. 2013;8:e64991.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Кулис М., Кейрос А.С., Бикман Р., Мартин-Суберо Д.И.Метилирование внутригенной ДНК в регуляции транскрипции, нормальной дифференцировке и раке. Биохим Биофиз Акта. 1829; 2013: 1161–74.

    Google ученый

  • Бренет Ф., Мох М., Функ П., Фейерстайн Э., Виале А.Дж., Соччи Н.Д., Скандура Дж.М. Метилирование ДНК первого экзона тесно связано с молчанием транскрипции. ПЛОС Один. 2011;6:e14524.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Жиро И., Тозлу С., Лидеро Р., Биш И.Анализ экспрессии ДНК-метилтрансфераз 1, 3A и 3B в спорадических карциномах молочной железы. Клин Рак Рез. 2003; 9: 4415–22.

    КАС пабмед Google ученый

  • Цай Й, Джин Дж, Томомори-Сато С, Сато С, Сорокина И, Пармели Т.Дж., Конэуэй Р.С., Конэвей Дж.В. Идентификация новых субъединиц многобелкового TRRAP/TIP60-содержащего комплекса гистон-ацетилтрансферазы млекопитающих. Дж. Биол. Хим. 2003; 278:42733–6.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Цинь В., Леонхардт Х., Пихлер Г.Регуляция ДНК-метилтрансферазы 1 посредством взаимодействий и модификаций. Ядро. 2011;2:392–402.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Негиши М., Тиба Т., Сарая А., Мияги С., Ивама А. Dmap1 играет важную роль в поддержании целостности генома посредством процесса восстановления ДНК. Клетки генов. 2009; 14:1347–57.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Ромагоса С., Симонетти С., Лопес-Висенте Л., Мазо А., Ллеонарт М.Е., Кастельви Х., Рамон и Кахал С.Сверхэкспрессия p16 (Ink4a) при раке: ген-супрессор опухоли, связанный со старением и опухолями высокой степени злокачественности. Онкоген. 2011;30:2087–97.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • Лизенфельд М., Мозиг С., Функе Х., Янсен Л., Руннебаум И.Б., Дерст М., Бакш К.SORBS2 и TLR3 вызывают преждевременное старение первичных фибробластов и кератиноцитов человека. БМК Рак. 2013;13:507.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Тэм В.Л., Вайнберг Р.А. Эпигенетика эпителиально-мезенхимальной пластичности при раке. Нат Мед. 2013;19:1438–49.

    КАС Статья пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Halvey PJ, Wang X, Wang J, Bhat AA, Dhawan P, Li M, Zhang B, Liebler DC, Slebos RJ.Протеогеномный анализ выявляет непредвиденную адаптацию клеток колоректальной опухоли к недостаткам репарации несоответствия ДНК. Рак рез. 2014;74:387–97.

    КАС Статья пабмед Google ученый

  • NCBI Gene Expression Omnibus, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/. Регистрационный номер GSE80746.

  • NCBI Gene Expression Omnibus, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/. Регистрационный номер GSE86402.

  • 3 ключевых вывода из Showpad’s RKO 2020

    Хелен Ю
    Директор по работе с клиентами

    Недавно наша команда из США отправилась в Чикаго, в то время как наши шоупаддеры из региона EMEA собрались в Генте, Бельгия, на стартовые встречи по доходам 2020 года (RKO).Будучи впервые присутствовавшим на RKO Showpad, я ушел вдохновленным и взволнованным энергией, которую каждый Showpadder привносит в свою работу. И как главный специалист по работе с клиентами, я больше, чем когда-либо, заинтересован в партнерстве с нашими клиентами, чтобы стать лучшим в своем классе в обеспечении продаж и цифровой трансформации.

    В RKO мы отпраздновали то, что сделали в 2019 году… и добились большого прогресса. С точки зрения корпоративной культуры, мы наняли более 200 сотрудников в офисах по всему миру, переехали в новый лондонский офис и получили звание Inc.2019 Лучшее рабочее место. В прошлом году мы также воплотили в жизнь наше видение полноценной платформы для поддержки продаж (и получили за это признание одного из самых авторитетных аналитиков в мире), провели крупнейшие в мире мероприятия по поддержке продаж в Чикаго и Лондоне и расширили партнерские отношения с двумя новыми и существующих клиентов. И это лишь некоторые из основных моментов.

    Мы не только размышляли о прошедшем году, но и готовились к предстоящему году. У нас есть несколько смелых целей на 2020 год, и мы все знаем, что одна вещь приведет нас к ней: мы будем максимально сосредоточены на наших клиентах.

    На RKO в США и регионе EMEA было так много вдохновляющего контента. Вот мои три вывода.

    Наш рост зависит от успеха наших клиентов

    Я работаю в Showpad меньше года и замечаю невероятный рост и развитие. Конечно, этот рост был бы невозможен без наших замечательных команд и клиентов.

    В RKO мы услышали от клиентов из первых рук о проблемах, с которыми они сталкиваются, и о том, как Showpad помог им преодолеть эти проблемы, чтобы более эффективно привлекать покупателей.Наши клиенты рассказали, почему они выбрали Showpad, как они видят развитие продаж и как его влияние будет становиться все более значительным.

    Мы были рады принять шесть клиентов на RKO:

    • Брайан Коллинз из Jellyvision , интерактивной компании-разработчика программного обеспечения, которая помогает людям принимать более взвешенные решения относительно вознаграждений своим сотрудникам.
    • Жаклин Д’Арси из Lumere , который предоставляет данные, основанные на фактических данных, и ускоряет процесс оптимизации ухода за пациентами и снижения затрат.
    • Питер Мертенс из Sprout Social, программное решение для управления социальными сетями.

    Панель клиента EMEA включает:

    • Матиас Меерссеман от Desotec, европейского лидера в области мобильных систем фильтрации с активированным углем
    • Эдвин Койпер от Goodyear, многонациональной компании по производству шин 
    • Hamilton Mann от Thales, многонациональной компании, занимающейся проектированием, созданием электрических систем и предоставлением услуг для аэрокосмической отрасли, обороны, транспорта и безопасности

    Эти панели были одним из основных моментов RKO. Празднование успехов этих клиентов вдохновило нашу команду помочь всем клиентам Showpad стать такими же успешными, как эти звезды. В 2020 году наши клиенты по-прежнему будут сердцем и душой всего, что мы делаем. Мы будем усердно работать, чтобы создавать незабываемые впечатления от каждого взаимодействия с нашими клиентами, 

    Нам пора быть смелыми

    Каждый выступающий начал свою презентацию с рассказа о периоде своей жизни, когда он был смелым. Например, генеральный директор и соучредитель Showpad Пи Джей Бутен рассказал нам о своей первой гонке на горных велосипедах под названием Cape Epic, которая оказалась «самой сложной гонкой MTB на земле.«Гонка, которая составляет 700 километров и длится восемь дней, далеко не из легких, но PJ преодолел трудности, выложился на полную и добился своей цели — завершить гонку.

    Я покинул RKO с новым уважением к этим ораторам и к тем проблемам, которые они преодолели, проявив смелость. Я был не только вдохновлен мужеством моих коллег в их личной жизни, но и был в восторге от того, чего мы можем достичь в Showpad как команда.

    Showpad сделает 2020 год самым смелым.Мы преодолеем трудности, встречающиеся на нашем пути, и добьемся успеха. Делая это, мы будем лучшими партнерами для наших клиентов и поможем им быть в лучшем виде.

    Мы одна команда

    В Showpad у нас есть восемь офисов по всему миру, мы работаем в дюжине часовых поясов, и не часто мы все находимся в одном физическом месте. На самом деле, эти RKO были моей первой возможностью лично встретиться с несколькими моими коллегами.

    В конце концов, независимо от местоположения, мы все — одна команда, работающая над тем, чтобы дать друг другу возможность быть на высоте — чтобы мы могли дать нашим клиентам возможность делать то же самое.

    Я в восторге, я присоединился к Showpad, когда я это сделал, и я очень рад наступающему году!

    Хелен Ю (Helen Yu) — директор по работе с клиентами в Showpad. Она занимается обслуживанием клиентов в компаниях из списка Fortune 500, включая Oracle и Adobe. IBM включила ее в десятку лучших мировых лидеров в области цифровой трансформации, а Thinkers360 – в десятку лучших лидеров маркетинговой мысли.

    Ссылки на аудио- и видеоисточники — узнайте о

    Эпизод телевизионной программы

    Сюда входят телепередачи в прямом эфире, выпуски, просмотренные на DVD или Blu-Ray, выпуски, созданные для телевидения и просматриваемые в службах догоняющего или потокового вещания, а также программы, предназначенные для онлайн-распространения, такие как сериалы Amazon Prime.

    Справочник телепрограммы будет выглядеть так:

    Режиссер, продюсер или сценарист (год) Название серии, номер серии, серия   номер  [Телепрограмма] Название программы/сериала. Канал, день и месяц первого вещания. Веб-адрес и дата доступа (только если найдены в Интернете).

    Пример каталожного номера

    Моффат, С. (2012) Убежище далеков, серия 7, серия 2  [Телепрограмма] Доктор Кто.BBC One, 1 сентября.

    Пример цитирования в тексте вашей работы:  Моффат (2012) или (Моффат 2012)

    Часто бывает полезно упомянуть название программы, а также эпизод, когда вы представляете тему, но это не является официальной частью цитирования.

    Если вы говорите об определенном моменте видео, включите в предложение временную метку.

    Пример цитирования в тексте при упоминании определенного момента в программе:  … кадрирование первого кадра поврежденного Далека в 16:03 (Моффат 2012)

    Вот полные правила для каждой части информации:

    1. Режиссер, продюсер или сценарист эпизода – используйте фамилию, за которой следуют инициалы личного имени
    2. Год первого эфира (в круглых скобках).
    3. Название серии, номер серии и номер серии, если они известны, все курсивом )
    4. [Телепрограмма] в квадратных скобках
    5. Название программы/серии.
    6. Имя канала.
    7. Дата первой трансляции (день и месяц).

    Если это онлайн-программа:

     8. Веб-адрес.

    9. «Доступ» и дата просмотра видео.

    Тип ссылки EndNote — Фильм или Трансляция, добавьте «Телевизионная программа» в разделе «Средство» (чтобы EndNote правильно отобразил это, вам нужно будет указать название эпизода, серии и номера эпизодов в поле «Название», а также название программы в поле Название серии)

    .
    Опубликовано в категории: Разное

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован.